Jusqu'au XVIe siècle, les Malécites vivaient au Nouveau-Brunswick ; leur territoire s'étendant vers l'ouest à partir de la rivière Saint-Jean. Leurs membres sont originaires de la Confédération Wabanaki qui regroupait les Penobscots, les Passamaquoddy, les Abénaquis du Maine et les Micmacs.

Semi-nomades, ils vivaient de chasse et de pêche, mais ils cultivaient aussi le maïs. La principale communauté malécite, Médotec, était située aux abords de la rivière Saint-Jean. En 1694, au contact des Européens, la peste décime la population emportant ainsi 120 Malécites ; le reste de la communauté devant alors délaisser temporairement le village.

Les Malécites se sont alliés aux Français lors des guerres de colonisation : ils furent considérés comme un élément majeur de la défense française. En 1728, toutefois, les Malécites ratifient le traité de paix conclu à Boston avec les Anglais et, en vertu de ce traité, les Indiens de la Nouvelle-Angleterre de la Nouvelle-Écosse reconnaissent la souveraineté britannique sur la Nouvelle-Écosse. Le ressentiment des Malécites à l'endroit des Anglais dura jusqu'à la capitulation de Québec, en 1763. En 1828, une trentaine de familles formèrent un établissement à Viger (une concession de 3 000 âcres de terrain divisés en lots de 100 acres) près de la rivière Verte en Gaspésie ; d'où l'origine de leur appellation actuelle, les Malécites de Viger.

Selon la politique de sédentarisation en vigueur à cette époque, on incite les Malécites à s'y installer de façon permanente et le gouvernement leur fournira des semences et des provisions à cet effet. Les mesures d'incitation échouent et faute d'occupation de cet établissement par les Malécites, le gouvernement canadien cède aux pressions des colons intéressés par ces terres fertiles et Viger est rétrocédé en 1869. En 1876, le gouvernement fédéral crée la réserve de Whithworth, puis celle de Cacouna en 1891 et on y construit des maisons. Les Malécites résistent cependant au mode de vie sédentaire ; la population canadienne et québécoise en vint presque à oublier leur présence au Québec tant les Malécites se sont dispersés sur le territoire québécois.

La bande de Viger n'a jamais cessé d'exister dans les registres du gouvernement fédéral. En 1975, une centaine d'individus étaient considérés comme faisant partie de cette nation. Dans la foulée du projet de loi C-31 modifiant la Loi sur les Indiens adopté en 1985, plusieurs Malécites ont recouvré le statut d'Indien inscrit. En 1987, environ 130 d'entre eux se sont réunis à Rivière-du-Loup pour élire un conseil de bande. Deux ans plus tard, le gouvernement du Québec reconnaissait officiellement la Première Nation Malécite de Viger. La communauté malécite compte aujourd'hui 537 membres.

Fidèles à leur mode de vie traditionnel, les Malécites refusent toujours de se voir confinés dans une réserve, aucun d'entre eux ne vit en permanence sur l'une ou l'autre des réserves fédérales de Whithworth et de Cacouna.